I principali partners scientifici di Flyby sono:

Istituto Nazionale di Ottica Applicata (INOA - Firenze)
Design sistemi ottici complessi

CNR - Istituto di Fisica Applicata "N. Carrara" (IFAC - Firenze)
Telerilevamento e sistemi ottici ambientali

Università di Napoli Federico II - Clinica Dermatologica
Diagnostica dermatologica e prevenzione danni UV

CNR - Istituto di Biofisica (Pisa)
Fotobiologia ambientale

CNR - Istituto di Biometeorologia (Firenze)
Biometeorologia ed ambiente

NATO Undersea Research Center (NURC - La Spezia)
Telerilevamento marino

Università di Tel-Aviv (Israele)
Diagnostica ematologica non invasiva

Dipartimento di Ingegneria dell' Informazione (Università di Pisa)
Elaborazione dati

Regio Istituto Meteorologico Nazionale Olandese (KNMI, Olanda)
Assimilazione e classificazione di dati satellitari

Centro Aerospaziale Tedesco (DLR, Germania)
Progettazione e costruzione di sistemi spaziali