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I principali partners scientifici di Flyby sono:
Istituto Nazionale di Ottica Applicata (INOA - Firenze)
Design sistemi ottici complessi
CNR - Istituto di Fisica Applicata "N. Carrara" (IFAC - Firenze)
Telerilevamento e sistemi ottici ambientali
Università di Napoli Federico II - Clinica Dermatologica
Diagnostica dermatologica e prevenzione danni UV
CNR - Istituto di Biofisica (Pisa)
Fotobiologia ambientale
CNR - Istituto di Biometeorologia (Firenze)
Biometeorologia ed ambiente
NATO Undersea Research Center (NURC - La Spezia)
Telerilevamento marino
Università di Tel-Aviv (Israele)
Diagnostica ematologica non invasiva
Dipartimento di Ingegneria dell' Informazione (Università di Pisa)
Elaborazione dati
Regio Istituto Meteorologico Nazionale Olandese (KNMI, Olanda)
Assimilazione e classificazione di dati satellitari
Centro Aerospaziale Tedesco (DLR, Germania)
Progettazione e costruzione di sistemi spaziali
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